La Fondazione F. M. Napolitano nasce negli anni ’60 per iniziativa di Donna Emilia Gubitosi, docente al Conservatorio di S.Pietro a Majella e Maestro del coro del Teatro S. Carlo, che volle cosi’ onorare la memoria del marito il Maestro Franco Michele Napolitano, insigne organista e direttore d’orchestra nonché fondatore dell’orchestra “Scarlatti”.  
Dopo anni di grandi successi e dopo un periodo di stasi temporanea negli anni novanta, la Fondazione, con la presidenza del Prof. Sergio Sciarelli e la direzione artistica della pianista Maria Sbeglia ha ripreso con rinnovato vigore dal 2000 a tutt’oggi.

Lo scopo della Fondazione F.M. Napolitano è la promozione e la divulgazione delle arti e della cultura in generale, con particolare riferimento all’arte e alla cultura musicale nonché l’identificazione e la promulgazione di quelle forme che, in altri campi, quali la poesia, il teatro, la pittura, l’arte fotografica, la danza, presentino validi collegamenti con la musica.
A tal fine  la Fondazione inserisce sempre nella programmazione delle sue stagioni concertistiche, più  spettacoli che si realizzano con la fusione di varie arti e di vari generi, dando la possibilità, agli artisti, di sperimentare forme diverse che si discostano dalla forma del  concerto “ classico ”, e al pubblico, di apprezzare e di godere del risultato di tali scelte.

Sempre  nell’ottica  di offrire  una possibilità ed un palco a tutti gli artisti di grande talento la Fondazione ospita   vincitori  di  concorsi internazionali.  
E’ in questo modo che la Fondazione si sta ritagliando uno spazio ed una identità  tra le varie  offerte musicali cittadine, non entrando in competizione o antagonismo con loro ma cercando di  offrire al pubblico e alla città di Napoli e a tutti i turisti e abitanti di Anacapri una manifestazione varia ed interessante con artisti di fama internazionale e giovani emergenti. 
La Fondazione ha una propria sede storica in via Tarsia 23, è fornita di una ricchissima biblioteca con libri e manoscritti molto preziosi, nonché dell’organo a canne del M° F.M.Napolitano.